Sejak tahun 2000, kerja sama internasional telah ditangani oleh beberapa dosen yang tergabung dalam BKLN (Badan Kerja Sama Luar Negeri). Saat itu, unit ini masih berada di bawah naungan IKIP Negeri Singaraja. Setelah UNDIKSHA berdiri pada tahun 2006, pada tahun 2008 dibentuklah Subbagian Kerjasama di bawah naungan Bagian Akademik dan Kerja Sama. Unit ini bertugas untuk menyelenggarakan kerja sama dengan mitra nasional dan internasional dengan dibantu oleh beberapa dosen.

Kantor Urusan Internasional dan Kemitraan (KUIK) sebenarnya telah berdiri sejak tahun 2012, saat itu masih bernama Kantor Urusan Internasional (KUI). Unit ini dibentuk berdasarkan program PKKUI yang digagas oleh Direktorat Kelembagaan dan Kerjasama, Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi. Dalam pembentukannya, KUI memiliki beberapa bagian khusus yang bertugas membantu Wakil Rektor IV Bidang Perencanaan dan Kerjasama dalam melakukan lobi, promosi, menjembatani, membuka jalan, dan menegosiasikan kerja sama dengan mitra. Setelah program kerja sama dibahas dan disetujui, maka Subbagian Kerja Sama akan menerbitkan Dokumen Kerja Sama dan menjalankan program tersebut berdasarkan persetujuan Wakil Rektor IV atau diserahkan kepada unit terkait.

Kantor Urusan Internasional dipimpin oleh tiga nama yang berbeda mulai dari tahun 2012 sampai dengan tahun 2017. Pertama, pada tahun 2012 Kantor Urusan Internasional dipimpin oleh Dr. I Gede Budasi, M.Ed. dan sekretarisnya Dr. I.G.N.A. Suryaputra, M.Sc. Mereka dibantu oleh 2 tim, yaitu Urusab Luar Negeri (2 orang dosen) dan Urusan Luar Negeri (2 orang dosen). Struktur ini berdiri sampai tahun 2014. Pada tahun 2015, kepala Kantor Urusan Internasional dijabat oleh Trianasari, Ph,D. dengan sekretarisnya Dr. I.G.N.A. Suryaputra, M.Sc.

Kemudian, pada tahun 2016 Kantor Urusan Internasional (KUI) resmi berubah menjadi Kantor Urusan Internasional dan Kerja Sama (KUIK) yang diatur berdasarkan OTK (Peraturan Organisasi dan Tata Kerja). Sejak perubahan peraturan tersebut, pada tahun 2016, struktur KUIK juga mengalami perubahan. Pada periode ini, struktur KUIK adalah Ketua KUIK dan sekretaris, Koordinator Hubungan Internasional dan Koordinator Hubungan Nasional yang masing-masing dibantu oleh 4 orang anggota.

Pada tahun ini, KUIK dipimpin oleh Trianasari, Ph.D dengan sekretarisnya Nyoman Karina Wedhanti, M.Pd. Dengan demikian, tim Hubungan Internasional dipimpin oleh Dr. Ni Komang Arie Suwastini, M.Hum. dan anggota tim tersebut adalah 1) GAP. Suprianti, S.Pd., M.Pd., 2) Gede Mahendra Darmawiguna, S.Kom., M.Sc., 3) I Wayan Mudianta, S.Pd., M.Phil., Ph.D., dan 4) I Putu Ngurah Wage Myartawan, S.Pd., M.Pd. Sedangkan Hubungan Nasional dikomandoi oleh Dr. Ida Bagus Putu Mardana, M.Si. dengan anggota tim tersebut adalah 1) Drs. I Putu Panca Adi, M.Pd., 2) I Made Agus Wirawan, S.Kom., M.Cs., 3) Dr. I Putu Suka Arsa, S.T, M.T. dan 4) Drs. Ketut Sudiatmaka, M.Si. Kemudian, pada tahun 2017, Kepala KUIK mengalami perubahan dan dipimpin oleh Dr. Ni Made Ratminingsih, M.A. yang bekerja pada tim sebelumnya. Hingga pada bulan Januari 2020, Kepala Kantor Internasional diganti oleh Ni Nengah Suartini, S.S., M.A., Ph.D. dengan sekretaris Made Windu Antara Kesiman, S.T., M.Sc., Ph.D.

Pada bulan Agustus 2020, Kantor Urusan Internasional dan Kerja Sama diubah menjadi Badan Kerjasama dan Hubungan Masyarakat, dan dipimpin oleh Prof. Dr. Anak Agung Istri Ngr. Marhaeni, M.A. dengan sekretaris Made Windu Antara Kesiman, S.T., M.Sc., Ph.D. Badan Kerjasama dan Hubungan Masyarakat terdiri dari 3 (tiga) pusat, yaitu Pusat Kerjasama Internasional, Pusat Kerjasama Nasional, dan Pusat Kerjasama Industri.

Pada Bulan Maret 2021, Badan Kerjasama dan Hubungan Masyarakat dipimpin oleh Made Windu Antara Kesiman, S.T., M.Sc., Ph.D dengan sekretaris Putu Ayu Prabawati Sudana, S.Pd., M.Hum. Badan Kerjasama dan Hubungan Masyarakat kini terdiri dari 4 (empat) pusat, yaitu Pusat Kerjasama Internasional, Pusat Kerjasama Nasional, Pusat Kerjasama Industri, dan Pusat Humas dan Media.

Dengan adanya perubahan struktur kepemimpinan, pada bulan September 2023, Badan Kerja Sama berubah status menjadi Unit Kerja Sama yang dipimpin oleh Nice Maylani Asril, S.Psi., M.Psi., Ph.D dengan sekretarisnya Made Riki Ponga Kusyanda, S.Tr., M.Par. dengan memimpin 3 pusat dan tim pelaksana.